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1、生物類型不同：細(xì)菌沒有核膜包圍形成的細(xì)胞核，屬于原核生物。真菌有核膜包圍形成的細(xì)胞核，屬于真核生物。

2、細(xì)胞結(jié)構(gòu)不同：一是細(xì)胞壁的成分不同，細(xì)菌細(xì)胞壁的主要成分是肽聚糖，而真菌細(xì)胞壁的主要成分是幾丁質(zhì)。二是細(xì)胞質(zhì)中的細(xì)胞器組成不同，細(xì)菌只有核糖體一種細(xì)胞器。而真菌除具有核糖體外，還有內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、高爾基體、線粒體、中心體等多種細(xì)胞器

3、細(xì)胞大小不同：原核細(xì)胞一般較小，直徑一般為1μm~10μm。真核細(xì)胞較大，直徑一般為10μm~100μm。

4、增殖方式不同：細(xì)菌是原核生物，為單細(xì)胞型生物，通過細(xì)胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式，為二分裂。真菌為真核生物，細(xì)胞的增殖主要通過有絲分裂進(jìn)行。

5、名稱組成不同：盡管在細(xì)菌和真菌的名稱中都有一個(gè)菌字，但細(xì)菌的名稱中一般含有球、桿、弧、螺旋等描述細(xì)菌形態(tài)的名稱，而真菌名稱中則不含有。