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      1. 曹云龍入選《自然》年度十大人物:準(zhǔn)確預(yù)測(cè)新冠突變

        更新時(shí)間:2022-12-15 08:39:30作者:智慧百科

        曹云龍入選《自然》年度十大人物:準(zhǔn)確預(yù)測(cè)新冠突變

        《自然》本周公布了2022年度十大人物(Nature's 10)榜單,榜單旨在評(píng)選十位在這一年重大科學(xué)事件中占有一席之地的人物?!蹲匀弧诽貙懖恐骶幚聿榈隆っ杉{斯特斯基表示:“在這充滿危機(jī)和精彩發(fā)現(xiàn)的一年里,十位人物既有幫助我們探知宇宙最遙遠(yuǎn)存在的天文學(xué)家,也有在新冠疫情和猴痘疫情中舉足輕重的研究人員,還有突破器官移植局限的外科醫(yī)生。”


        《自然》此次評(píng)選了在全球公共衛(wèi)生問題上有突出貢獻(xiàn)的幾位人物。新冠疫情進(jìn)入第3年,北京大學(xué)基因組學(xué)研究人員曹云龍幫助追蹤新冠病毒的演化,并預(yù)測(cè)了導(dǎo)致新變異株產(chǎn)生的部分突變;麗莎·麥考克爾作為“患者主導(dǎo)研究合作組織”的創(chuàng)始成員,幫助提高了公眾對(duì)新冠肺炎的認(rèn)識(shí),并籌集到了研究經(jīng)費(fèi);迪米·奧戈伊納是尼日利亞尼日爾三角洲大學(xué)的傳染病醫(yī)生,他對(duì)尼日利亞猴痘傳染病的研究工作提供了對(duì)抗猴痘疫情的關(guān)鍵信息。

        幾位人物推動(dòng)了非凡的科學(xué)成就和重要的政策進(jìn)展。美國(guó)馬里蘭大學(xué)巴爾的摩分校的外科醫(yī)生穆罕默德·莫希丁帶領(lǐng)團(tuán)隊(duì)完成了首次轉(zhuǎn)基因豬心臟的人體移植;美國(guó)國(guó)家航空航天局(NASA)戈達(dá)德航天中心天文學(xué)家簡(jiǎn)·里格比在韋布空間望遠(yuǎn)鏡進(jìn)入太空并正常工作的任務(wù)中起到了關(guān)鍵作用,讓人類探索宇宙的能力邁上了更高的新臺(tái)階;美國(guó)科技政策辦公室代理主任阿隆德拉·納爾遜幫助拜登政府制定了其科學(xué)議程的重要內(nèi)容;美國(guó)加州大學(xué)舊金山分校人口學(xué)家黛安娜·格林·福斯特就美國(guó)高等法院推翻對(duì)墮胎權(quán)法律保護(hù)這一決定的預(yù)期影響提供了關(guān)鍵數(shù)據(jù)。

        在今年的十大人物榜單上,有一些名字與氣候變化和其他全球危機(jī)的發(fā)展息息相關(guān)。聯(lián)合國(guó)秘書長(zhǎng)安東尼奧·古特雷斯呼吁各國(guó)積極應(yīng)對(duì)氣候變化等危機(jī);位于孟加拉國(guó)達(dá)卡的國(guó)際氣候變化與發(fā)展中心主任薩利穆爾·胡克積極推動(dòng)發(fā)達(dá)國(guó)家承諾承擔(dān)氣候變化造成的“損失與損害”;聯(lián)合國(guó)政府間氣候變化專門委員會(huì)(IPCC)烏克蘭代表團(tuán)團(tuán)長(zhǎng)斯維特蘭娜·克拉科夫斯卡提出了地緣政治與化石燃料間的關(guān)聯(lián)。

        《自然》稱,現(xiàn)代科學(xué)研究是由團(tuán)隊(duì),且往往是大型團(tuán)隊(duì)合作完成的,然而科研世界也充滿了個(gè)人產(chǎn)生影響的故事?!蹲匀弧纺甓仁笕宋锊⒎且粋€(gè)獎(jiǎng)項(xiàng),也不是全球前十排行榜,它是對(duì)今年重要科學(xué)進(jìn)展、事件以及其中一些關(guān)鍵人物和他們同事的記錄。

        蒙納斯特斯基表示:“《自然》十大人物的故事以獨(dú)特視角濃縮了這不平凡一年中的一些最重大的科學(xué)事件?!?/p>

        曹云龍及其團(tuán)隊(duì)的新冠研究

        曹云龍及其團(tuán)隊(duì)在研究中發(fā)現(xiàn),新的奧密克戎突變株的受體結(jié)合域(RBD)所攜帶的突變表現(xiàn)出趨同效應(yīng),獨(dú)立進(jìn)化的毒株演變出了相同的RBD突變,這是此前新冠疫情中不曾見過的。病毒的趨同進(jìn)化屬于小概率事件,因?yàn)椴《具M(jìn)化的方向非常多,現(xiàn)在出現(xiàn)趨同進(jìn)化,說明兩件事:1)這些趨同進(jìn)化的突變位點(diǎn)具備很高的選擇優(yōu)勢(shì);2)進(jìn)化壓力非常集中。


        奧密克戎RBD趨同進(jìn)化

        這些趨同突變對(duì)于抗體藥物和疫苗的逃逸能力極強(qiáng)。突破感染在極大程度上受限于“免疫印跡”。也就是說,接種過原始毒株的疫苗后,感染其他突變株主要喚起的還是原始株疫苗所誘導(dǎo)的抗體,很少產(chǎn)生針對(duì)新毒株的特異性中和抗體。

        同時(shí),突變株感染所誘導(dǎo)的非ACE2競(jìng)爭(zhēng)和弱中和抗體比例增加,有效抗體占比越來越少,抗體表位多樣性越來越低,從而導(dǎo)致免疫壓力越來越集中。由于病毒進(jìn)化的驅(qū)動(dòng)力主要來自免疫壓力,免疫壓力的集中會(huì)進(jìn)而導(dǎo)致病毒進(jìn)化位點(diǎn)的相應(yīng)集中,最終導(dǎo)致趨同進(jìn)化,且進(jìn)化速度加快。


        奧密克戎突破感染誘導(dǎo)的抗體分布

        根據(jù)大量抗體的RBD逃逸位點(diǎn)衡量體液免疫壓力,并結(jié)合病毒氨基酸突變概率、宿主細(xì)胞表面受體親和力等數(shù)據(jù),團(tuán)隊(duì)構(gòu)建了基于中和抗體免疫壓力的新冠病毒RBD進(jìn)化趨勢(shì)預(yù)測(cè)模型,并據(jù)此分別預(yù)測(cè)了BA.2和BA.5突破感染刺激產(chǎn)生抗體的突變逃逸圖譜。

        結(jié)果顯示,與BA.2突破感染相比,BA.5突破感染刺激產(chǎn)生抗體的突變逃逸位點(diǎn)顯著減少,只剩下兩個(gè)顯著的逃逸位點(diǎn)(R346和K444),印證了其結(jié)合表位多樣性減少、免疫壓力高度集中。預(yù)測(cè)的突變熱點(diǎn)與現(xiàn)實(shí)世界中病毒的進(jìn)化高度一致。也與現(xiàn)實(shí)高度吻合。


        BA.2和BA.5突破感染誘導(dǎo)產(chǎn)生抗體的突變逃逸圖譜

        團(tuán)隊(duì)基于目前真實(shí)世界中人群的免疫背景,預(yù)測(cè)了BA.2.75和BA.5未來的進(jìn)化趨勢(shì),并于今年7月構(gòu)建了在BA.2.75和BA.5突變株的基礎(chǔ)上攜帶不同RBD和NTD趨同突變的假病毒,并通過中和試驗(yàn)發(fā)現(xiàn)這些假病毒對(duì)不同中和抗體藥物和血漿樣本具有很高的逃逸能力。分別于10月份和11月份出現(xiàn)的BQ.1.1和CH.1.1分別與我們構(gòu)建的BA.5-S3、BA.2.75-S4/S6假病毒高度一致。

        結(jié)果表明,新冠突變是可以被預(yù)測(cè)的。通過提前預(yù)測(cè)可能出現(xiàn)的毒株并構(gòu)建出相應(yīng)的假病毒,可以提前設(shè)計(jì)開發(fā)疫苗和抗體藥物以應(yīng)對(duì)未來可能出現(xiàn)的疫情。


        BA.2.75和BA.4/BA.5最終趨同進(jìn)化趨勢(shì)的準(zhǔn)確預(yù)測(cè)(左:預(yù)測(cè)和構(gòu)建的假病毒;右:現(xiàn)實(shí)中出現(xiàn)的突變株)

        曹云龍談近期疫情

        近日,在一場(chǎng)直播講座上,曹云龍還就一些熱點(diǎn)問題發(fā)表了自己的看法。

        他認(rèn)為,雖然奧密克戎致病性下降,但依然會(huì)引發(fā)大量人口死亡以及后遺癥風(fēng)險(xiǎn),因此我們還需要持續(xù)監(jiān)測(cè)奧密克戎以及后續(xù)可能出現(xiàn)的變異株在致病性、重癥率、后遺癥風(fēng)險(xiǎn)等方面的變化。一些亞洲地區(qū),包括香港、臺(tái)灣、日本、韓國(guó)等地,疫情加重都是在奧密克戎到來之后,導(dǎo)致新冠死亡人數(shù)攀升,超額死亡人數(shù)也相應(yīng)增加。

        “疫苗接種和感染康復(fù)者都無法抵御新突變株的感染。例如,感染BA.1后并不能防止BA.2和BA.5等后續(xù)新突變株的感染。只要有感染,就會(huì)有重癥和死亡,即使比例降低,但感染基數(shù)較大的情況下,總的絕對(duì)數(shù)也會(huì)令人擔(dān)憂?!?/p>

        對(duì)于“為何疫苗防感染的保護(hù)作用差,卻能防重癥”的問題,曹云龍解釋說:疫苗對(duì)于感染和重癥的預(yù)防機(jī)制是不同的。

        “疫苗防感染主要通過誘導(dǎo)中和抗體來實(shí)現(xiàn),防感染的效果取決于暴露時(shí)有效抗體的中和滴度。目前新冠病毒主要通過呼吸道侵入人體,尤其是上呼吸道,但疫苗誘導(dǎo)的抗體大部分在血液中循環(huán),很難進(jìn)入上呼吸道,且誘導(dǎo)產(chǎn)生的抗體會(huì)被新突變株逃逸,加上抗體滴度隨時(shí)間自然衰減的影響,導(dǎo)致目前的疫苗防感染效果很差。”

        “是否發(fā)生重癥取決于病毒侵入后免疫系統(tǒng)的響應(yīng)速度。當(dāng)病毒侵入人體,會(huì)激活免疫系統(tǒng)產(chǎn)生抗體,只要這一免疫過程發(fā)生速度夠快,能夠追趕病毒繁殖的速度,就能有效防止重癥。目前的疫苗對(duì)于防重癥的效果比較好是因?yàn)椋臃N疫苗后體內(nèi)會(huì)產(chǎn)生一些有效抗體的記憶B細(xì)胞(雖然這個(gè)比例在降低),這些記憶B細(xì)胞在病毒侵入后可以很快被激活,在3-7天內(nèi)很快產(chǎn)生新的抗體,從而可以有效防重癥。”

        還有人提問:接種疫苗和自然感染相比,哪個(gè)更能產(chǎn)生保護(hù)性抗體?對(duì)此,曹云龍表示,目前的疫苗都很難在上呼吸道建立免疫屏障,比起疫苗接種,自然感染可以更有效地在上呼吸道誘導(dǎo)產(chǎn)生抗體和T細(xì)胞反應(yīng),防感染效果略微好一點(diǎn)。

        但不能因此寄希望于通過自然感染實(shí)現(xiàn)群體免疫而放棄疫苗接種,原因有兩點(diǎn):1)新突變株的再感染率很高,以前感染過也不能預(yù)防新毒株再次感染。2)感染的副反應(yīng)遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于疫苗接種的副作用。

        尤其是對(duì)于老年人等高風(fēng)險(xiǎn)人群來說,疫苗接種是最安全的選擇,疫苗的防重癥效果還是比較理想的,三針滅活疫苗在老年人群中的防重癥率很高,香港的大規(guī)模真實(shí)世界研究表明,三針滅活疫苗防止重癥或死亡的有效率達(dá)到97%以上。

        (觀察者網(wǎng)綜合自科技日?qǐng)?bào)、微信公眾號(hào)“呼吸界”)

        本文標(biāo)簽: 曹云龍  自然  病毒  抗體