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二氧化碳對魚類和水環(huán)境有較大影響。它是水生植物光合作用的原料，缺少會限制植物生長、繁殖；高濃度二氧化碳對魚類有麻痹和毒害作用，如使魚體血液pH值降低，減弱了對氧的親和力。當游離二氧化碳達到80毫克／升時，幼魚表現(xiàn)呼吸困難；超過100毫克／升時，發(fā)生昏迷或側臥現(xiàn)象；超過200毫克／升時，引起死亡。在一般池塘中這種現(xiàn)象少見，但北方冬季魚類越冬期長，往往魚密度過大，二氧化碳積累可達到相當濃度而使魚無法生存。二氧化碳來源于水生動植物、微生物的呼吸作用和有機質分解。大氣中游離二氧化碳含量少，溶入水中也不多；二氧化碳的消耗主要是水生植物光合作用的吸收利用。

水中二氧化碳除游離狀態(tài)外，大多以碳酸氫鹽和碳酸鹽形式存在，對水質pH值起緩沖作用，維持其平衡。水中二氧化碳含量隨著水生生物的活動和有機質分解而變動，表現(xiàn)有晝夜、垂直、水平和季節(jié)性變化，其變化情況一般與溶解氧的變化相反。

當二氧化碳太多時，應減少浮游動物、底棲動物，包括輪捕魚類和限制施有機肥；當二氧化碳不足時，應適當施肥，特別是施有機肥和清除水生植物等。